追溯歷史，流式細胞儀走過了42年的發展歷程(1973-2015)，在這四十多年的發展歷程中，流式細胞儀器在結構上發生了一系列的演變：由簡單到復雜、由單激光到多激光、由單色到多色、由分析到分選、由空氣激發到石英杯激發、由標配型到特殊定制型等。總體來說，流式細胞儀的硬件發展遠超科研發展需要，但應用技術相對滯后。
在第八屆中國生命科學公共平臺管理與發展研討會的流式細胞儀技術論壇上，北京大學醫學部分析儀器中心細胞室吳后男主任不僅介紹了流式細胞儀的發展歷程，還指出了未來的發展趨勢。據其介紹，未來流式細胞儀趨向于多色標記、多參數、更精細、微觀指標觀察、稀有細胞或多功能特性細胞的研究，向高難度、挑戰性技術邁進。
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