找到位于電鏡工作臺鏡筒左下方的樣品傾斜、旋轉速度調節旋鈕，發現旋處于緊靠零位處，將旋調節到適當位置，使樣品恢復至正常運行狀態，故障排除。
4、高壓、電源系統
故障一（JEM-1200EX）
【故障現象】：
電鏡工作正常，高壓突然跳掉，電子束束流和偏壓指示燈不亮，其余指示燈完全正常。將電鏡電源關閉一段時間后，再開機，工作20多分鐘后，又重復出現掉高壓故障。
【故障分析】：
從故障現象分析，與電鏡沒開電源時的狀態基本相同，估計故障出在透鏡電源部分。由于出現周期性故障復發，也有可能是某種原因導致電鏡發生過載或過壓保護狀態。
【故障排除】：
首先檢查透鏡電源保險絲是好的，說明未發生電源過載故障，電源應該是沒有多大問題。進一步分析其他原因，看電鏡是否處于保護狀態。由于故障不是馬上出現，電鏡能正常工作20多分鐘，可以推斷是電鏡的某個部件在工作一段時間后，受溫度影響而發射變化出現異常。電鏡的一些部件（如鏡筒內部物鏡線圈和擴散泵）是用冷卻水來控制的，如果冷卻水供給系統有故障，就會降低冷卻作用，使有關部件溫度過高，溫度超溫開關（傳感器）動作時電鏡處于被保護狀態，因此重點檢查冷卻水循環水器是否正常。
檢查冷卻水循環水箱的水溫控制器指示不對。一般水溫控制在18-20℃，而這時溫度指示器是27 ℃，顯然溫度過高，冷卻水的冷卻作用降低，電鏡處于保護狀態，將指示器重新調至18℃，鏡電恢復正常工作。
故障二（JEM-1200EX）
【故障現象】：
電鏡“READY”燈不亮。高壓不能加上，電鏡無法工作。
【故障分析】：
電鏡“READY”燈不亮，分析可能是真空度不足，電子槍氣體室的氟利昂氣體壓力偏低及電子槍上相連的微動開關短路等原因。其中最大的可能性是的氟利昂氣體壓力偏低，因為該壓力隨著電鏡使用時間會慢慢降低的。
【故障排除】：
首先檢查真空度是正常的，電子槍微動開關也是好的，但此時電子槍氣體室氟利昂壓力低于1.7（壓力表指示值），根據手冊“6-3-1”章節介紹，其壓力低于1.7時需及時補充氟利昂。經補充氟利昂氣體使壓力升至到1.7以上，電鏡“READY”燈點亮，電鏡恢復正常工作。
故障三（JEM-1200EX）
【故障現象】：
電鏡開機十幾分鐘后自動停機，過一段時間再開機，十幾分鐘后電鏡又自動停機。
【故障分析】：
電鏡能正常開機，說明系統運行正常，運行一段時間后，某處存在異常導致電鏡進入保護狀態而自動停機，重點在各個保護系統以及保護裝置上。
【故障排除】：
首先檢查空壓機壓力指示正常，超壓保護裝置正常。再檢查冷卻循環水系統，發現水泵沒有運行，用萬用表測量水泵工作電壓正常，懷疑水泵電機有故障，關掉電源，測量水泵電機線圈電阻為無窮大，繼續檢查結果發現電機線圈一根外接引線被腐蝕斷掉了，用電烙鐵重新焊上，檢查其他無誤后，開機冷卻循環水泵恢復正常運行，不再出現十幾分鐘后自動停機現象。故障排除電鏡恢復正常工作。
小結：由于冷卻循環水泵沒有工作，冷卻水無法在機內循環流動，機內溫度升高，當循環水溫超過60度時，水溫超溫保護控制器啟動，切斷工作電源，自動保護電鏡不受損害。
故障四（JEM-1200EX）
【故障現象】：
觀察樣品時，高壓加到100KV出現高壓放電現象，能聽見“噼啪”打火的聲音，退回高壓后，再慢慢加高壓到50KV時再次出現高壓放電現象，儀器無法正常工作。
【故障分析】：
正常情況下高壓在120KV內是安全的，在低于此范圍不應該出現高壓放電，由于放電現象出現，分析應該是高壓系統某處絕緣不良，導致出現高壓放電打火發生。重點在與高壓系統相關的部件存在故障。
【故障排除】：
首先打開電子槍系統，將燈絲、陽極帽等金屬部件及陶瓷部件進行徹底的清洗，有碳化發黑處用金相研磨膏進行精細打磨，在清洗烘干，試著開機抽真空，結果仍有打火現象，仔細聆聽和觀察發現打火聲來自高壓電纜與電子槍連接處。將高壓電纜從高壓箱中取出，用2500V兆歐表進行絕緣檢測指示為無窮大，說明電纜并未擊穿，在拔出高壓電纜與電子槍連接頭，仔細檢查發現電纜頭側面絕緣膠皮上有一條細細的燒痕，與其對應陶瓷部件上也有一個燒痕，罪魁禍首就在這里。
用小刀輕輕地刮掉電纜上的燒痕，清洗掉殘漬污物在烘干，再涂抹高壓硅脂。用研磨膏打磨陶瓷部件上的痕跡，清洗烘干。將高壓電纜安裝復原，通電試機，抽真空到位后，慢慢加高壓30KV，無打火現象，工作一段時間，再加高壓50KV，仍未發生打火現象，工作一段時間后，最后加高壓100KV，仔細觀察和細聽，再未出現放電打火現象。儀器運行正常，故障排除。
小結：為了儀器運行安全可靠起見，開先在50KV下連續數小時拷機，再加高壓100KV連續工作數小時，以達到儀器的穩定狀態。
故障五（JEM-1200EX）
【故障現象】：
當按下“HT”按鍵時，暗電流很快升高超過250μA，隨后儀器進入自動保護狀態。
【故障分析】：
